Balithi Kembangkan Deteksi Cepat CSVd Pada Tanaman Krisan
berita
FOTO: Humas Balitbangtan
RILIS.ID, Jakarta— Balai Penelitian Tanaman Hias (Balithi) Badan Litbang Pertanian mengembangkan Return-Polyacrylamide Gel Electrophoresis (return-PAGE), salah satu metode untuk mendeteksi keberadaan CSVd dalam jaringan tanaman krisan. Chrysanthemum stunt viroid (CSVd) merupakan pathogen tanaman dari spesies viroid, genus Pospiviroid, famili Pospiviroidae yang dapat menyebabkan penyakit kerdil pada tanaman krisan.

Patogen ini terdiri dari molekul asam nukleat (RNA) berbentuk sirkular single-stranded dengan panjang untai 354 atau 356 nukleotida dan memiliki berat molekul RNA yang rendah, yaitu 111-114 kDa. Genom Pospiviroidae dapat bereplikasi sendiri dan tidak dapat dikode menjadi protein apapun (tidak ada ORF).

Tanaman krisan yang sudah terserang viroid termasuk CSVd tidak dapat disembuhkan karena sampai saat ini belum tersedia secara komersial bahan anti- viroid yang tidak merusak sel tanaman

Infeksi CSVd pada tanaman krisan dapat menyebabkan terjadinya degenerasi, akibatnya pertumbuhan tanaman menjadi terhambat (stunting) dengan perakaran yang terbatas, daun-daun berukuran kecil dan berwarna hijau pucat, pembungaan lebih cepat (beberapa hari) dibandingkan dengan yang sehat, dan bunga yang dihasilkan berukuran sangat kecil dengan warna lebih pudar.

Kejadian penyakit oleh CSVd pada tanaman krisan di Indonesia sampai saat ini masih sangat tinggi, sehingga produksi krisan mutunya masih rendah. Kondisi seperti ini sangat mungkin oleh kenyataan bahwa perbanyakan bahan tanaman krisan melalui stek akan memberikan kesempatan yang sangat baik bagi perkembangbiakan CSVd, sebagai parasit obligat, untuk menyebar secara luas bersamaan dengan penyebaran bahan tanaman tersebut.

Karena itu, tidak mengherankan bahwa CSVd telah ditemukan tersebar luas di semua daerah sentra produksi krisan di Indonesia dan telah menyebabkan kerusakan dan penurunan hasil bunga potong pada beberapa daerah tersebut.

Dalam sertifikasi, terutama mengenai kesehatan bibit, metode deteksi patogen sasaran menjadi alat bantu penentu keberhasilan. Metode deteksi virus yang biasa digunakan, yaitu metode serologi, tidak dapat diterapkan untuk mendeteksi viroid. Hal ini disebabkan metode serologi hanya dapat digunakan untuk mendeteksi protein, sedangkan viroid tidak memiliki mantel protein seperti virus. Pendekatan molekuler merupakan salah satu cara yang dapat dilakukan untuk mendeteksi viroid karena kelompok patogen ini hanya tersusun dari asam nukleat.

Return-Polyacrylamide Gel Electrophoresis (return-PAGE) merupakan salah satu metode deteksi molekuler yang sudah dikembangkan di Laboratorium Virology, Balithi, untuk mendeteksi keberadaan CSVd dalam jaringan tanaman krisan. Metode return-PAGE sangat sesuai diaplikasikan apabila terdapat keterbatasan dana maupun sarana di suatu laboratorium uji.

Metode ini juga sangat cocok dilakukan untuk screening tanaman krisan bebas viroid, terutama CSVd, karena tidak memerlukan peralatan yang mahal dan bahan kimia yang digunakan tidak terlalu mahal dibandingkan metode deteksi molekuler lainnya. Disamping itu, waktu yang diperlukan untuk pengujian tidak terlalu lama, hanya membutuhkan waktu maksimal 3 hari.

Deteksi CSVd dengan sistem ini dapat membedakan antara tanaman yang sakit dengan tanaman yang sehat berdasarkan ada tidaknya pita RNA yang muncul pada bagian tengah gel.

Berdasarkan hasil penelitian, dari 8 sampel yang dideteksi, 5 sampel merupakan kontrol positif (berdasarkan deteksi dengan RT-PCR), 1 sampel kontrol negatif (berdasarkan RT-PCR), dan 2 sampel tanaman dari lapangan yang terdiri dari tanaman sehat dan tanaman sakit (menunjukkan gejala kerdil). Pada tanaman yang sakit dan kontrol positif, terdapat pita RNA pada bagian tengah gel, sedangkan pada tanaman yang sehat dan kontrol negatif tidak terlihat adanya pita RNA tersebut.

Dalam sistem ini, elektroforesis dilakukan dalam dua tahap, tahap pertama pada kondisi tidak terdenaturasi (±15 derajat Celcius), dan tahap kedua pada kondisi terdenaturasi (60 derajat Celcius).

Pada kondisi tidak terdenaturasi, molekul RNA CSVd bergerak dalam gel akrilamid dalam bentuk sirkuler, sedangkan pada kondisi terdenaturasi (dengan merubah polaritas elektroda) molekul RNA terdenaturasi menjadi bentuk linier sehingga pergerakannya menjadi lebih lambat. Dengan demikian pada saat elektroforesis dalam kondisi terdenaturasi ini, molekul RNA CSVd yang linier dapat terpisahkan dari molekul asam nukleat lainnya.

Sumber: Sumber Balithi/Balitbangtan

Tulis Komentar
Komentar (0)
Lihat semua komentar

Top Bisnis

Terkini

Dapatkan berita terkini setiap hari